abstrak pada penelitian Isolasi dan karakter Gen Pada Jahe

ISOLASI DAN KARAKTER GEN MENJANDI SIFAT TAHAN TERHADAP BAKTERI LAYU PADA JAHE

Otih Rostiana, Tetty Chaidamsari, Siti Fatimah Syahid, Wawan Haryudin, Siti Aisyah

ABSTRAK

Teknologi rekayasa genetik memberikan wahana baru bagi pemulia tanaman untuk memperoleh kelompok gen baru yang lebih luas. DNA sekuen, yang ditransfer ke dalam genom suatu tanaman untuk membentuk tanaman transgenik bisa berasal dari spesies tanaman, bakteri, atau virus. Penemuan gen penyandi sifat ketahanan terhadap R. solanacearum (RRS1-R) pada tanaman Arabidopsis thaliana, dengan pendekatan bioinformatika yang dikombinasikan dengan beberapa teknik biologi molekuler, memungkinkan untuk mengisolasi gen tersebut pada tanaman jahe atau kerabat lainnya yang toleran dan dirancang homologinya, kemudian dikonstruk dan ditransformasikan untuk membentuk varietas jahe baru tahan layu bakteri. Pada penelitian ini jahe merah dan lempuyang emprit toleran R.solanacearum digunakan sebagai materi genetik untuk mengisolasi gen RRS1-R yang menyandi sifat tahan terhadap R.solanacearum. Penelitian dilakukan menggunakan metode eksperimental murni dengan mengaplikasikan metode molekular terstandar. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen RRS1-R, sebagai penyandi sifat tahan terhadap Ralstonia solanacearum, tidak teramplifikasi dari total RNA daun jahe merah dan lempuyang emprit yang terisolasi, karena RNA sangat spesifik. Gen penyandi sifat tahan terhadap R.solanacearum pada jahe, tidak terekspresi dalam daun, karena ekspresi terjadi setelah adanya induksi terlebih dahulu. Gen RRS1-R, sebagai penyandi sifat tahan terhadap Ralstonia solanacearum, tidak teramplifikasi dari total RNA daun jahe merah dan lempuyang emprit yang terisolasi, karena RNA sangat spesifik. Gen penyandi sifat tahan terhadap R.solanacearum pada jahe, tidak terekspresi dalam daun, karena ekspresi terjadi setelah adanya induksi terlebih dahulu. DNA yang diisolasi dari daun JM dan LE, teramplifikasi dengan primer spesifik tetapi full length sekuens DNA terklon tersebut homolog terhadap Cacao swollen shoot virus dengan E Value 2e-38 (Max Identity 62%). Sedang dialkukan amplifikasi RNA asal jaringan JM dan LE hasil induksi dengan suspensi patogen, dengan primer spesifik hasil perancangan baru pada bagian less conserve, untuk memperoleh sekuen DNA terklon homolog gen RRS1-R, penyandi sifat tahan terhadap R.solanacearum.

Kata Kunci: Zingiber officinale Rosc., Z. zerumbet var.Americans, ketahananan, isolasi gen, karakterisasi gen, RT-PCR, Kloning, Sekuensing, gen RRS1-R

ABSTRAC

Genetic engeneering has given a broad spectrum in plant breeding in order to obtain a newly gene for a broad purpose. Transferring DNA sequence into plant genome in term of constructing transgenic crops could be derived from various organism such as, different crops species, bacteria or virus. New finding on resistance gene to Ralstonia solanaceraum rom Arabidopsis thaliana (RRS1-R-gene) combined with bioinformatic approach and molecular technique make the possibility to isolate those resistance gene from different crop species, such as ginger or other related species tolerance to R. solanacearum. Then, the homology of those gene could be design and construct and then transform for generating newly ginger species tolerance to R.solanacearum. In thisresearch, red-ginger variety and Zingiber zerumber var. American.were used as genetic material subjected to gene isolation by using laboratory experimental with standardized molecular technique. Results showed that, RRS1-R gene as a resistance gene against R.solanacearum, could not be amplified by using total RNA either from red ginger nor Zingiber zerumbet isolated RNAs, due to a specify characteristic of RNAs. Those gene was not expressed on the leaves without any induction from the pathogens (R.solanacearum). DNA isolated from JM and LE leaves could be amplified by using specific primer, nevertheless cloned DNA sequens were homolog to Cacao swollen shoot virus with E Value 2e-38 (Max Identity 62%).Therefore, the next steps amplification will be performed by using isolated RNA from JM and LE tissues, after pathogen induction, by uisng newly specific primer designed (at less conserve region) for obtaining full length DNA sekuens homolog to RRS1-R gene.

Keywords: Zingiber officinale Rosc., Z. zerumbet var.Americans, resistance, gene isolation, gene characterisation, RT-PCR, cloning, Sequensing